סיפר הגה"צ רבי חיים חייקין זצ"ל, ראש ישיבת אקס-לה-בן בצרפת:
פעם בא יהודי לפני מרן החפץ חיים זי"ע ותינה את צרתו וביקש מהחפץ חיים שיתפלל בעדו שייוושע.
שאל אותו החפץ חיים: האם אתה התפללת כבר בעצמך להשי"ת שיושיע אותך? השיב היהודי שוודאי כבר התפלל ועדיין לא נענה.
אמר לו החפץ חיים: לך נא והבא אלי את ספר התהילים שלך ואראה האם התפללת כהוגן. הלך היהודי והביא עמו את ספר התהילים שלו.
פתח אותו החפץ חיים והביט על דפי התהילים אחת הנה ואחת הנה, ואז פנה אל היהודי והביע את תמיהתו: הרי דפי ספר התהילים לך הם נאים וחלקים בלי כתם ובלי סימנים של דמעות, האם לזו תקרא תפלה כהוגן?! המתן רגע ואראה לך כיצד יש להתפלל.
הלך החפץ חיים, הביא סולם, טיפס ועלה לארון הספרים שלו. הוציא מלמעלה ספר תהלים ישן ומקומט, פתח אותו החפץ חיים והראה לאותו יהודי כי דפי התהילים מלאים בכתמי דמעות ואמר לו: ראה כי לזאת יקרא תפילה. זה ספר התהלים של אמי ע"ה, אשר בו התפללה ושפכה הרבה דמעות שנשרו והרטיבו את ספר התהלים שלה. כך צריך להתפלל.
(עלון ליקוטים וסיפורים נפלאים)
אחד מתלמידי החפץ חיים נפל למשכב והרופאים לא מצאו לו מזור. עלה התלמיד לרבו ובקש להתברך מפיו, ובכה לפניו על נבואת הרופאים כי אפסה לו תקוה. התמלא החפץ חיים בצער על יסורי תלמידו, וביקש לתת לו עצה, אלא שהתנה עמו שלא יגלה את הדבר לאיש.
הסכים התלמיד, והחפץ חיים ביקש ממנו לנסוע לאדם נסתר שהתגורר בעיירה קטנה, ולבקש להתברך מפיו. עשה התלמיד כדבריו, ולאחר שחזר לביתו, החלים בדרך נס.
עברו למעלה מעשרים שנה, וגיסתו של התלמיד חלתה באותה מחלה בה חלה בצעירותו.
באו בני המשפחה והפצירו בו לגלות להם כיצד התרפא בשעתו, אולם הוא סרב לגלות את הסוד, מפני שהחפץ חיים השביעו שלא יגלה את הדבר, אולם הללו לא הרפו ממנו עד שנאלץ לגלות להם את שם האיש הנסתר אליו נסע כדי להתברך.
לא עברו ימים ארוכים, והאיש החל לחוש שלא בטוב, והתמלא פחד וחלחלה.
מיד פנה ונסע לראדין, ונכנס אל החפץ חיים שהיה אז כבר זקן ושבע ימים, וסיפר לו את דבר המאורע מתחילה ועד סוף.
שמע החפץ חיים את הדבר, ובקול שקט אמר: 'צר לי, אך לא אוכל לעזור לך עתה להירפא ממחלתך. שכן אז, כאשר חלית בימי עלומיך, הייתי צעיר יותר בשנים והיה בכוחי לצום עליך ארבעים יום רצופים כדי שתתרפא, אולם עתה זקנתי מעשות כן'.
התברר, כי החפץ חיים ביקש להסתיר את תעניותיו במשך ארבעים יום לזכות התלמיד, והסתיר את הדבר כאילו בזכות אותו אדם נסתר התרפא התלמיד.
(עלון ליקוטים וסיפורים נפלאים)
בתחילת המלחמה העולמית הראשונה שבין רוסיה לגרמניה, למד בישיבתו של החפץ חיים בחור מגרמניה, בשם אפרים ליבוביץ. בלש מסויים שרצה להראות הצלחתו בריגול, התיידד עם תלמידי הישיבה, וכשנודע לו על אזרחותו הגרמנית של אותו בחור מצא הזדמנות להכניס בכיסו תוכנית של מבצר קובנה.
באותו לילה הקיפו אנשי צבא רוסיה את אכסנייתו של התלמיד ומצאו בכיסו את התוכנית… מיד מסרו אותו, וכל מנהלי הישיבה והחפץ חיים בראשם עמדו תחת חשד שהם מעורבים באותו עסק ריגול. לתלמיד היה צפוי עונש מות.
החפץ חיים לא התחשב בזה שהתערבותו לטובת הבחור עלולה לעורר חשדות רציניים. הוא התמסר בכל נפשו להצילו. הוא נסע בעצמו לפטרבורג להשפיע על עורך דין ידוע שיקבל עליו לטפל במשפט, כי שום עו"ד לא הסכים להתערב בעסק מסוכן כזה.
כשהתקיים המשפט בשנת תרע"ז נגד הבחור, הופיעו בבית המשפט החפץ חיים וחתנו רבי צבי לווינסון זצ"ל והגאון רבי אלחנן וסרמן זצ"ל, והעידו שהם בטוחים שהוא חף מפשע. הנאשם נידון לבסוף לעשר שנות עבדות פרך.
כששמע החפץ חיים את פסק הדין הודה להשי"ת שהצילו מעונש מות, ובאשר לעשר שנות המאסר צחק ואמר: 'שוטים שכאלה! וכי יודעים הם השלטונות שיחזיקו מעמד אף עשרה חודשים? וכי הם בטוחים אף בעשרה שבועות?'
ואמנם לאחר חודשיים, בכ"ב אדר תרע"ז התחוללה המהפכה ברוסיה ומיגרו את הקיסר מכסאו, והנאשם שוחרר מכלאו'…
(עלון איש לרעהו)
באחד ממסעותיו של רבינו ה'חפץ חיים' זי"ע בין הכפרים לעורר ולקרב את ליבם של אחינו שבשדות לקב"ה, בא לפניו יהודי ירא שמים שהתחנן לפניו בבכי ובדמעות – 'רבי הקדוש, אשתי חולה זה מכבר ללא מזור ותרופה, ועתה שוכבת על ערש דווי וקרובה לשערי מוות ר"ל. אישי כהן גדול, ברך נא אותה שתקום מחוליה זה ותאריך ימיה'.
רבינו עצר צעדיו ועמד על מקומו. בעיניו הרחומות הביט בפני היהודי ושאלו בלבביות: 'האם אתה שומר שבת'? – בוודאי, ענה לו היהודי, אני שומר שבת בקפידה על קלה כבחמורה. רבינו המשיך לשאול, 'האם אתה לומד הלכות שבת'? עתה בוש היהודי להודות בתשובה השלילית, אך הדגיש שדומה לו שהוא יודע את ההלכות היטב. כמו לבחון אותו החווה לו רבינו רבב על בגדו תוך שהוא שואלו, 'אמור נא לי יהודי יקר, האם בכגון דא מותר לנער את האבק בשבת או לאו? – – היהודי זע בחוסר נוחות, הוא התבייש להודות בפני מאור הגולה בתשובת 'איני יודע' – –
דע לך – אמר לו החפץ חיים – שדברי המשנה 'על שלוש עבירות נשים מתות בשעת לידתן' ואחת מהן היא 'על הדלקת הנר', אין הכוונה בכך על הדלקת הנר גרידא, אלא על כל הלכות שבת, והוא שעל כל אחד מישראל לדעת הלכות שבת היטב שבכך יימלט מן הצרה.
ועתה – המשיך החפץ חיים – שמע ואיעצך לתקן המעוות ובכך אף אשתך הנוטה למות תחיה בס"ד. קבל על עצמך ללמוד הלכות השבת ולשננן הרבה, ובעבור כן אבקש מתלמידי ר' אברהם (הג"ר אברהם קלמנוביטש זצ"ל) הנלווה אלי עתה לשמשני, שיקדיש לטובת אשתך החולנית את זכויותיו הרבות שצבר במצות שימושו אותי במסעותיי ביו העיירות, ובכך יחיש הקב"ה רפואה לאשתך.
היהודי המשתומם הבטיח מיד לדבוק בלימוד הלכות שבת כל ימיו ובלבד שתחיה אשתו. גם ר' אברהם האמון על דברי רבו לא חשב פעמיים וקיים את בקשתו. וכדברי רבינו כך הווה – האישה החולנית קמה תיכף מחוליה לאורך ימים ושנים, ויהי לפלא.
בהזדמנות אחת שאל ר' אברהם את רבו מדוע זה הורה לו למכור את זכויותיו במסעות החיזוק בהם שימש את רבו, כאשר בידי רבו עצמו להציע את זכויותיו הכבירות בהיותו מחזק ומעורר את ישראל באלו המסעות. ענה לו רבינו בענווה אמתית, 'הנני כבר בעת זקנתי וגופי חלוש עד שאין ביכולתי להיות מסור כולי למצווה הגדולה, ומשכך גם זכויותיי אינן שלמות. אך אתה הרי צעיר לימים וכוחך במתניך, ומצוותיך הנעשות בשלמות מקנות לך זכויות עצומות אשר רק כאלו היה בידן להואיל לרפואת האישה שנזקקה לרפואה מעל לדרך הטבע – –
לאחר זמן ביקר רבי אברהם אצל מרן הגאון רבי חיים עוזר זצ"ל בווילנא וסיפר לו מעשה זה ואת אשר כאב ליבו על שאיבד לכאורה זכות שימושו את רבו במסעות הקודש. ניחם אותו הגרח"ע בזו הלשון – וואס פארשטייען מיר, דער חפץ חיים געפונט זיך דא, און דרייט אן אויבן – – מה אנו מבינים, החפץ חיים שוהה אתנו בעולם הזה, אך הוא פועל גדולות ונצורות במרומים – –