"סדרי הישיבה יש להם דין של תקנת אנשי כנסת הגדולה", התבטא מרן הגר"ד זצ"ל. וכאשר דרש כן נהג בעצמו, כאשר סדרי הישיבה היו אצלו קודש ונר לרגליו כל ימי חייו.
מנעוריו ממש דבק רבי דוד בעוז בשמירת סדרי הישיבה בכל עוז ולא חיסר מהם מאומה, וכפי ששח בערוב ימיו: "שש שנים למדתי בישיבת מיר, לא החסרתי אף לא תפילה אחת, אף לא 'סדר' אחד, אף לא שיעור אחד ואף לא 'סדר מוסר' אחד, ללא יוצא מן הכלל"… ביום שמחת אירוסיו, כאשר נאלץ לצאת מהישיבה, קרא אודותיו רבו הגדול מרן המשגיח הגה"צ רבי ירוחם זצ"ל את דברי הפסוק: "ויפקד מקום דוד"…
בעשרות השנים בהם עמד בראשות הישיבה הקדושה דפוניבז', שמר רבי דוד מכל משמר על סדרי הישיבה. כך, אפוא, כאשר המוני בית ישראל נתקבצו בגבעת הישיבה בבני ברק ביום ד' ניסן תשמ"א לקיום המצוה הנדירה של 'ברכת החמה', אחר שהשכימו קום עוד קודם זמן התפילה כותיקין, עמד רבי דוד על כך שבישיבה יתקיים המנין הקבוע לתפילת שחרית בשעה שבע בבוקר.
באחת השנים בהן חל ערב פסח בשבת, בו נהוג להתפלל שחרית בשעה מוקדמת בכדי להספיק לאכול סעודת שבת ולהוציא את החמץ מהבית, הציע אחד מרבני הישיבה לרבי דוד שאף בהיכל הישיבה יתפללו תפילת שחרית כותיקין. אמר לו רבי דוד כי 'ותיקין לא, רק אחר כך'. כאשר תמה בפניו מדוע לא להתפלל כותיקין ומה רע בכך, השיבו רבי דוד: 'חלילה, אין בכך שום ענין רע ואדרבה ענין גדול הוא, אך הרי אתה יודע כי מסורת הישיבות היא כבר שנים רבות וראשי הישיבות לא הנהיגו להתפלל וטעמם עמם, הרי אנו לא ניתן יד לשנות ולהתפלל כותיקין. הגע בעצמך לאחר חמישים שנה יבוא ראש ישיבה וירצה להנהיג להתפלל כותיקין. כשיאמרו לו איך אתה משנה סדרי הישיבה ממה שמקובל בעולם הישיבות, ישיב כי זוכר לפני חמישים שנה התפללו בישיבת פוניבז' כותיקין, ואמנם הוא שכח כי היה זה רק בערב פסח שחל בשבת, ולכן עלינו לנהוג בזהירות לשמור משמרת הקודש לבל ישתנה דבר'.
בעת מלחמת המפרץ, הקדימו בבתי כנסיות רבים את זמן התפילה בליל שבת מחמת האזעקות והטילים שנורו ברובם בלילות. רבי דוד הורה כי אין לשנות את זמן התפילה הקבוע בהיכל הישיבה, באמרו כי 'את סדרי הישיבה לא משנים מחמת שום רוחות שבעולם'.
לאחר מכן שח רבי דוד, כי בליל השבת שכך הורה, בא אליו מרן הרב מפוניבז' זצ"ל בחלומו ואמר לו: 'יישר כח! שמור על הישיבה מכל משמר'…
מנהג הישיבה הקדושה דפוניבז' בשמחת תורה הוא שמתפללים תפילת ערבית ללא הקפות, סועדים סעודת יום טוב ולאחר מכן עורכים את ההקפות המתארכות שעות רבות אל תוך הלילה, לכבודה של תורה. בשמחת תורה תשל"ד בעיצומה של המלחמה, נוצר הצורך לערוך הקפות קצרות, ולפיכך היו שביקשו לערוך את ההקפות מיד לאחר התפילה קודם סעודת יום טוב, אולם רבי דוד סירב באמרו כי 'יש לשמור על סדרי הישיבה, ולכן קודם יאכלו סעודת יום טוב ולאחר מכן יתקיימו ההקפות'.
כאשר פנתה אליו משלחת בחורים מבני הישיבה והצעה בפיהם לשינוי כלשהו בסדרי הישיבה, השיב רבי דוד: 'סדרי הישיבה הם זמן קדוש ואסור לשנותם, ואף לא לניסיון', כשהוא מוסיף ושח להם כי בעת לימודו בישיבת מיר, היה ענין שבחורים שינו לעצמם מעט מהסדרים וחדרם היה נקרא 'חדר המתוקן', אולם לא ארכו הימים ומה'חדר המתוקן' נעשה 'חדר המסוכן'…
אך לא רק בסדרי הישיבה לכלל בני הישיבה דאג רבי דוד, אלא אף לסדריו שלו, כשהוא משמש כסמל ודוגמא לכל התלמידים. אחד מראשי הישיבות שח כי היה נוכח בשמחת נישואי נכדו הראשון של רבי דוד, וכל משתתפי השמחה המתינו לבואו של הסבא לחופה עד לאחר סיום סדר מוסר ותפילת ערבית בישיבה.
בחתונת נכד אחר שהתקיימה בירושלים, השתתף רבי דוד בחופה, שב לבני ברק לישיבה ללימוד סדר מוסר ותפילת ערבית ולאחר מכן חזר לחתונה בירושלים…
בהזדמנות אחרת כאשר חזר מנסיעה לירושלים, היה כאוב עד מאד מכך שאיחר לסדר מוסר דקות ספורות, באמרו לאחד ממקורביו: 'אמרו לי שלנסוע במכונית פרטית מירושלים לבני ברק אורך שלושת רבעי שעה, והוספתי לכך בחשבוני עוד רבע שעה עבור הפקקים ועיכובים אם יהיו וכן עוד מספר דקות להכנה, ואיך טעיתי ובכל זאת איחרתי בכמה דקות לסדר מוסר?!'…
במשך עשרות בשנים, מידי לילה בלילה, היה רבי דוד משכים קום, ובשעת ליל מאוחרת כבר היה עולה להיכל הישיבה והוגה בתורה עד זמן התפילה, עם זאת חינך רבי דוד את תלמידיו כי לימוד הלילה הינו כתוספת מעבר לסדרי הישיבה הקיימים, ולא בהמעטה מהם, ח"ו. מעשה באחד מתלמידיו שנעדר מתפילת שחרית בהיכל הישיבה ולשאלת רבי דוד מדוע אינו מתפלל בן כתלי בית המדרש, השיב כי לומד בלילה עד שעה מאוחרת מאד ועל כן אינו מצליח להתעורר משנתו לזמן התפילה, השיב רבי דוד: 'ודאי שאם אתה לומד בלילה זהו תוספת נכבדה ושכרך רב, אולם צריך לדעת כי אין תוספת בלא העיקר. העיקר הוא שמירת סדרי הישיבה כולם – לימוד, תפילה ומוסר, ורק לאחר קיומם אפשר להוסיף שעות לימוד בלילות'.
(מתוך מוסף 'לקראת שבת', תרומה תשע"ט)