מנהג ישראל מפורסם הוא, נהוג בכמה עדות הוא שהאב מברך את בניו ובנותיו בכל ליל שבת, ובפרט בכניסת יום הכיפורים. המקור הקדום ביותר הידוע למנהג זה הוא הספר "מעבר יבוק", אשר חברו רבינו רבי אהרון ברכיה בר משה ממודינא, הכותב בשם המקובלים כך:
"…ישים אדם ידו על ראש הקטן המתברך שנאמר (בראשית מח,יד) "וישלח ישראל את ימינו וישת על ראש אפרים" וכתוב "ויברכם ביום ההוא לאמור, בך יברך ישראל לאמר ישימך אלוקים כאפרים וכמנשה וגו'". כי ביד האדם ט"ו פרקים כמניין ט"ו תיבות שבברכת כוהנים. לאמור: יכולו על ראשך הברכות שבשלושה פסוקים אלה, שהם ט"ו. והמנהג לברך בשבת קודש, ובפרט בלילי שבת, סוד שבת מלכתא ובסוד נפש יתרה, שעל המברך והמתברך יכולו הברכות. ועוד, כי אין שטן ופגע רע בשבת שיקטרג על הברכה… וצורך גבוה הוא לברך את בניו בשבת. ואם יש לו בת, גם היא בברכה. ובפרט בליל שבת, והמשכיל יבין מעצמו כי כנים דברנו.
סידור מהרי"ץ, סידורו של רבי יחיא צאלח זצ"ל מתימן, המפורסם בשמו "מורי צאלח", נמצא בבית הספרים הלאומי שבירושלים. זהו סידור עתיק בכתב ידו של המחבר, שנכתב בשנת תרל"א. הוא נמצא בגניזה באחד מבתי העלמין בדרום, ועד כה לא נדפס. בסידור זה נכתב: "טוב לברך הילדים שלו בשבת, ויניח ידו על ראשו. עיין מעבר יבק קמ"ג ע"א". נמצא שדבר המנהג שנקבע ע"י רבי אהרן ממודינא הגיע כעבור פחות ממאה שנים גם לתימן.
בערך באותה התקופה פרסם רבנו רבי יעקב עמדין זצ"ל, היעב"ץ, את סידורו "בית יעקב" בלעמברג שבאשכנז, ושם כתב: "מנהגם של ישראל לברך הילדים בליל שבת (אחד האבות ואחד הרבנים) אחר התפילה או בכניסה לבית. שאז חל השפע, וראוי להמשיכו על הילדים בייחוד שאין בכוחם להמשיך שפע במעשיהם. אבל ע"י גדול אמצעי משובח הוא יורד וחל ונאחז ביותר בקטנים שעדיין לא טעמו טעם חטא ועל ידיהם הוא מתפשט יותר".
רבי יצחק חזקיה לאמפורנטי בספרו הנודע "פחד יצחק", כתב אף הוא: "והנני רואה מנהג טוב לברך החכמים את הקהל ואבות לבנים עם שתי ידיים. אי בעיית אימא קרא – "וישא אהרן את ידיו אל העם ויברכם" (ויקרא ט,כב); אי בעית אימא סברא – כדי שימינא ישתכלל בשמאלא, כמו שאמרו המקובלים…".
בסידור "אוצר התפילות" (עמ' 614) מובא בביאור "בשמים ראש" מאת רבי חנוך זונדל ב"ר יוסף, ש"על כל פנים מכל זה נראה בעליל איך הוא מנהג שטות מכמה פתאים שנמנעים לברך יוצאי חלציהם בשבת קודש, והלא אמרו רבותינו זיכרונם לברכה (מגילה טו): אל תהיה ברכת הדיוט קלה בעיניך. ומה גם בעת רצון… על כן מי שיראת אלקים בלבבו יברך לבניו וליוצאי חלציו".
יש הסבורים שמנהג קדום זה מקורו אכן בתלמידי האר"י, כפי שכתב תלמידו ר' שלמה בסידורו "תפארת הקודש", המצוטט בסידור "אור זרוע לצדיק". מנהג זה התפשט בשינויים קלים בהרבה מקהילות ישראל. בספר 'נתיב בינה' מספר על הסופר י"ט באטו מאיטליה, שסיפר: "בליל שבת לאחר תפילת ערבית כל הצעירים נתברכו על ידי הזקנים. ופעם ניגש אלי צעיר ואמר לי: 'ברכני אדוני, כי אין לי עוד אב'"….
אצל הספרדים באמסטרדם נהגו לברך את הבנים עוד לפני צאתם לבית הכנסת, וגם לאחר שעלה האב לתורה בשבת בבוקר. אצל יהודי אמסטרדם האשכנזים נוהגים לברך את הבנים בליל שבת, בבוקרו של יום השבת וגם לאחר ההבדלה במוצאי שבת.
בספר "המגדל הלבן" מתאר מחברו רשמי מסע מהעיר סלוניקי: "נגמרה התפילה. מגישים לי את הכוס ומרמזים לגמוע ממנה. בני המשפחה מתקרבים וסובבים את הזקן, מרכינים את ראשם לפני קומתו הזקופה, ומושיטים לו את שתי הזרועות, כשכל אחד אומר לו בהברה מלאה אהבה 'דימי לי ביזארי לה מאני' (ייתן נא את ידו לנשק)".
גם באתיופיה הרחוקה נהג הקייס (החכם) לקבל את בני הקהילה כאשר הם מרכינים את ראשם, והקייס מניח את ידיו על כתפיהם ואומר (בתרגום חופשי): "ברוך הוא האלקים, אלוקי היהודים ואלוקי כל העולם יברך אתכם". אם אכן יש קשר בין מנהג זה למנהג שלנו, הרי הדבר מפתיע, שכן הסברה הרווחת היא שיהודי אתיופיה גלו מארץ ישראל בסוף ימי בית המקדש הראשון. האם ברכת השבת הייתה נהוגה כבר אז?
במהלך השבוע התרגזנו, בשבת אנו מברכים
מדוע מברכים את הילדים דווקא בשבת?
ה"מעבר יבוק" מסביר שבשבת קודש מגיעה הרי ליהודי נשמה יתרה. נשמה זו – טהורה היא ולא הזדהמה בששת ימי המעשה, ולכן האב מנצלה ומברך דווקא בעזרתה את בניו, וגם הוא עצמו מתברך ע"י ברכתו. טעם נוסף כותב ה'מעבר יבוק' שהשטן מקטרג בכל ימות השנה, ועלול לקטרג גם על ברכת האב. אך בשבת, כאשר אין לשטן פתחון פה, זוהי שעת הכושר לברך את הילדים. רבינו היעב"ץ זצ"ל הביא אף הוא שבליל שבת חל השפע, ודווקא הבנים הקטנים שעדיין לא טעמו טעם חטא מסוגלים שעל ידם יתפשט השפע עוד יותר.
בסידור "אור זרוע לצדיק" מובא, וכן הביא בעל "בשמים ראש" המובא בסידור "אוצר התפילות", טעם מעניין. לפעמים בימי חול האב והאם מתרגזים על ילדיהם מרוב צער או מחמת איזו סיבה שהיא. לכן בשבת, בזמן השמחה והרוגע, מבטלים אותן הכעסים ע"י הברכות, "ויהפוך ה' את הקללה לברכה, והעת גורמת שגם המלאך הרע יענה אמן על כך".
בשו"ת חתם-סופר (או"ח סי' כג) כתב שכיון שבכל ימות השנה אדם טרוד ואינו פנוי, ולכן אינו יכול לכוון היטב בתפילתו ובברכתו. לכן – כך הוא מבאר – מברכים את הבנים דווקא בשבת וביום-טוב.
ה"מורי צאלח" כתב שהאב מברך את ילדיו, וכן כתב רבי יעקב עמדין, שהאב הוא המברך, שכן "טוב עין הוא יברך" – האב רוצה מאד בברכת ילדיו. עוד הוא מציין שהילדים הקטנים הם המתברכים, אבל "גם הבנים הגדולים מקבלים ברכה מאבותיהם". כלומר, עיקר הברכה היא לקטנים, אך גם הגדולים רשאים להנות ממנה. כך כתב בסידור "מעבר יבוק", שהוא כאמור המקור הראשון לברכה זו, שהאב מברך "את בנו הקטן". בסידור הגר"א "אמרי שפר", מובא שהאב מברך את בניו הגדולים והקטנים, ואף את הבנות.
ה"פחד יצחק" כותב שלא רק האב מברך את בניו, אלא גם הרב את תלמידיו, ואפילו תלמידים נשואים. בקהילת קושטא נהגו שגם הבן מברך את אביו, ובעל הבית את אורחיו.
במשפחות רבות נהוג שאחרי שהאב בירך את בניו ואת בנותיו, ניגשים הם לאימם, ואף היא מוסיפה את ברכתה להם, כנראה באותו נוסח שבירכם האב.
בשו"ת גינת ורדים (כלל א סי' יד) מביא מנהג שבבית הכנסת הכהן הוא שמברך את התינוקות.
נוסח הברכה כולל את ברכת כהנים. לנוסח ברכת כהנים נוספו כמה תוספות. ר' יעקב עמדין הוסיף בסידורו "בית יעקב" את ברכת יעקב לבני יוסף "ישימך אלקים כאפרים וכמנשה". כבר ציין זאת רש"י על אותו פסוק, שאב הבא לברך את בניו ישתמש בנוסח זה: "ישימך אלקים כאפרים וכמנשה". ובתרגום יונתן בן עוזיאל על פסוק זה מובא שזהו נוסח הברכה שמברכים את התינוק ביום מילתו.
וכן, אפשר להוסיף ברכות כיד המלך. רבי יעקב עמדין מוסיף, ש"יכול להוסיף ברכה משלו כפי צחות לשונו". תוספת אחרת מצויה באנציקלופדיה "פחד יצחק", והיא אמירת הפסוק "המלאך הגואל" לנערים קטנים.
לבנות מציע ר"י עמדין (וכן מובא בסידור "עבודת ישראל") את הנוסח "ישימך אלקים כשרה רבקה רחל ולאה". תוספת אחרת מוצעת בסידור "אוצר התפילות" והיא שיברך אדם את בניו ואת יוצאי חלציו, "שיזכה לגדלם לתורה ולחופה ולמעשים טובים, ויהיו יראי ה' באמת לאמיתו בלי שום פניה רק בלבב שלם, ויאריכו ימים בעבודת ה' ובתורתו לשמה ולאמיתה של תורה, ויזכה לראות מהם בנים ובני בנים עוסקים בתורה ובמצוות באמת, ויזכו לשתי שולחנות כרוב רחמיו וחסדיו יתברך שמו לאין תכלית".