הבשורה על הסתלקותו של מרן נשיא מועצת חכמי התורה חכם שלום כהן זצוק"ל עטפה בכאב וביגון את שלומי אמוני ישראל, מכל החוגים והעדות. החל מדקות ספורות לאחר יציאת הנשמה, מודעות האבל על מרן ראש הישיבה פורסמו בזו אחר זו.
הראשון לציון הגאון רבי יצחק יוסף מסר מיד לאחר פטירתו של נשיא המועצת: "יחד עם כל בית ישראל אבלים ורצוצים עד דכדוכה של נפש בהסתלק מאיתנו מורנו ורבנו גאון ישראל מרן ראש הישיבה צדיק בן צדיק, איש האמת, ענק המידות, מנהיג הדור, ראש ישיבת פורת יוסף נשיא מועצת חכמי התורה חכם שלום הכהן זצוק"ל אשר הנהיג אותנו עשרות בשנים, אוי לה לספינה שאבד קברניטה, אוי לו לדור שכך עלתה בימיו, גדול כים שברנו, אוי מי ירפא לנו".
עוד מסר הגר"י יוסף: "למען כבוד התורה, חובה על כל אחד ואחד לבוא ולהשתתף בהלווייתו של מרן זצ״ל שלימד תורה לרבים, גידל דורות של תלמידי חכמים, החזיר עטרה ליושנה והקים את יהדות ספרד מעפרה, מי יתן ולא נדע עוד שוד ושבר בגבולנו, יבולע המוות לנצח וימחה ה׳ דמעה מעל כל פנים אמן".
הרב הראשי לישראל, נשיא בית הדין הגדול הגאון רבי דוד לאו: "יחד עם כל בני ישראל בארץ ובגולה אנו דומעים כואבים והמומים עם הסתלקותו לגנזי מרומים של נשיא מועצת חכמי התורה, ראש ישיבת פורת יוסף מרן הגאון הגדול חכם שלום כהן זכר צדיק וקדוש לברכה. עם ישראל איבד אדם גדול, שתורתו, תפילותיו וברכותיו עמדו לימין כלל ישראל עשרות שנים. אוי לה לספינה שאבד קברניטה וכל בית ישראל יבכו את השריפה אשר שרף ה׳".
ראב״ד ירושלים הרב אליהו אברג’ל במשדר המיוחד ב׳קול ברמה׳: ״למדתי אצלו הרבה שנים, הייתי מתייעץ איתו על כל דבר, זהו חיסרון לכל עם ישראל, היה לו מאור פנים לכל אחד, כל אחד הרגיש כאילו הוא התלמיד היחיד של מרן. מרן היה בקיא בש״ס בראשונים והאחרונים, כל שבת היינו לומדים איתו משנה ברורה גם אם זה היה על חשבון המנוחה שלו, הוא היה עמוד האש לתלמידיו ולכל עם ישראל״.
הראשל״צ ורבה של ירושלים הגרש״מ עמאר לקאהן ספד למרן זצ"ל בגל הפתוח ב׳קול חי׳: ״גדול כים שברנו. זה אבל גדול לכל היהודים. היה שריד לדור דעה. הסתלקותו – מהדברים הקשים לעם, כשאין רועה ומנהיג. כל זמן שיש מנהיג, הוא עומד ומגן, שומר, מכוון ומראה את הדרך לעם ישראל״.