סיפר הגר"י זילברשטיין שליט"א: הרב יצחק נבנצל חפץ לגור בעיר העתיקה בירושלים, הוא חיפש את הבית הגבוה ביותר שממנו יוכל לראות את הר הבית ואת הכותל המערבי. כשיאמר תיקון חצות ויבכה על החורבן, יוכל לראות את החורבן בעיניו ואז תחינתו תהיה חמה יותר.
באחד הימים רצתה הנהלת ישיבת 'פורת יוסף' בעיר העתיקה להוסיף כמה קומות לישיבה, אבל הישיבה ממוקמת מעבר לביתו של רבי יצחק, כך שהבניה תסתיר לרבי יצחק את ראיית הכותל המערבי והר הבית, ומה עוד שהוא קנה במיוחד את הדירה הזאת בשביל לראות את הכותל, ואף שילם על כך במיטב כספו.
כשהנהלת הישיבה הגיעה לבקש ממנו רשות להוסיף קומה, הסכים מיד, ואף אמר להם: עדיף לי לראות בית מקדש מעט בבנינו מאשר בית המקדש בחורבנו.
לאחר כמה שנים נתמנה בנו הגאון רבי אביגדור נבנצל לרבה של העיר העתיקה, וכשהתחילו להסתובב שם תיירים נכרים בלבוש פרוץ עלה לביתו של שר התורה רבי חיים קניבסקי שליט"א ושאלו מה אפשר לעשות לשמור על קדושתה של העיר העתיקה. שר התורה אמר לו שיפתח כולל אברכים, ואור התורה ישפיע על כל הסביבה שישאר בקדושתו.
כמובן הכולל נפתח, אך כשהכולל גדל ומנה עשרות אברכים, ובית המדרש לא היה יכול להכיל את כל הלומדים, חיפשו מקום גדול להעביר שם את הכולל, והמקום לא נמצא. לא היה בית המדרש גדול כל כך באזור.
מישהו לחש לרבי אביגדור שבישיבת פורת יוסף הסמוכה יש קומה אחת ריקה, ואולי יוכל להעביר לשם את הכולל. כשפנה להנהלת הישיבה הסכימו בשמחה שהכולל יעבור לשם. ואכן הכולל עבר לשם, ואז התברר שמה שרבי יצחק הסכים בשמחה לבניית הישיבה, זה היה בעצם בניה עבור הכולל של בנו… ואכן עד היום ממוקם בישיבת פורת יוסף כולל אברכים של 250 אברכים בראשות הגאון רבי אביגדור נבנצל שליט"א
(קובץ ווי העמודים וחשוקיהם ניסן תשע"ז)