בשנת תשמ"א נקרא רבינו הגר"מ שטרנבוך שליט"א לשמש ברבנות במדינת יוהנסבורג שבדרום אפריקה – בקהל עדת ישורון. הוא היה שם משך ט"ו שנים – משנת תשמ"א עד שנת תשנ״ו, ומסר שם שיעורים שונים במקצועות התורה בגמרא והלכה ואגדה.
הקהילה החרדית ביוהנסבורג הוקמה על ידי "עדת ישורון" בראשות הגאון רבי מרדכי עימנואל ועוד. בשנות התש"ל הגיע ליוהנסבורג הגאון רבי נפתלי שיקוביצקי והקים שם ׳כולל׳. ׳כולל׳ זה לא היה רק קבוצה של אברכים היושבים ולומדים לעצמם, אלא אברכים העוסקים גם בקירוב, וה׳כולל׳ עשה מהפכה גדולה בכל האיזור, עד שהתפתחה במקום קהילה של בני תורה ובעלי תשובה, כאשר אברכי הכולל הקימו בעלי תשובה ודאגו להם בכל צרכיהם ברוחניות ובגשמיות, וכתוצאה מכך התפתחה קהילת עדת ישורון והקימה עוד כמה בתי מדרש המיועדים לבעלי תשובה החדשים.
לאחר כמה שנים עזב הרב שיקוביצקי בפתאומיות את דרום אפריקה, ואז הגיע הגאון ר׳ חנוך ארנטרוי לדרום אפריקה, והציע להם את גיסו – הלא הוא מרן רבינו שליט״א לשמש כראש כולל בדרום אפריקה, ואכן רבינו הגיע לדרום אפריקה, ולא צמצם עצמו לפעול רק בכולל, אלא החל לפעול לשנות את פני העיר לטובה, ופעל בחברה קדישא ובכשרות ועורר על בעיות שונות בהלכה שיש לתקנם,
הדבר עורר הדים ותסיסה עצומה אצל כמה בעלי בתים, שהחלו לטעון שהרב החדש עושה פילוג בעיר מתוך שמעורר על בעיות שונות וכו׳. באותה תקופה חזר מרן רבינו שליט״א לתקופה קצרה לארץ ישראל, ולבינתיים בא רב אחד מאמריקה שהיה קשור לקהילה, ואותם בעלי בתים מצאו בזה זמן מוצלח לעורר את תביעתם לפטר את רבינו מראשות הכולל ולמנות רב אחר, פשרן יותר, במקומו.
וסיפר הגאון רבי אלחנן בראון שליט״א, שהרבנית ע"ה סיפרה לו שבאותה תקופה ראתה את רבינו מתבודד בחדרו, ושמעה קול בכיה בוקע מתוך החדר. לאט לאט גברו הקולות עד שנשמעו צעקות מתוך החדר, והיא הבינה שהוא נסער מאוד ודאגה לשלומו והלכה לשמוע על מה הוא בוכה, ושמעה איך הוא בוכה בתפילתו להקב״ה "שלא ייענש אדם בסיבתי", והיה נרעש ונפחד מאוד שמא מידת הדין תימתח על בני הקהילה שהיה להם יד וחלק בזה.
כעבור כמה ימים, אותו רב מאמריקה שבא להצר את צעדיו של רבינו – עבר תאונת דרכים קשה, והבין את הרמז מלמעלה, וברח מדרום אפריקה, והשקט חזר לשרור בקהילה, כאשר רבינו מנהל את הקהילה והכולל ביד רמה, ומצליח בה למעלה מן המשוער לקרב רחוקים.
(הלכות והנהגות ממרן הגר"מ שטרנבוך שליט"א)