במסירותו לבני הישיבה הרגישו התלמידים שאין כאן רק מסירות של רב לתלמיד גרידא, אלא הנהגת אב רחימאי המתמסר בלבו ומחשבתו לבניו. ניכר היה בכל הנהגתו איתם שהוא רואה בשליחות זו את פסגת חייו להעמיד תלמידים כבנים.
עד כמה חי את גישה זו, סיפר אחיינו נכד גיסו הגה"צ רבי שלום שבדרון, אותו נכד למד בישיבת פוניבז' וכאשר נישא, כיבד את ראש הישיבה הגרא"מ שך בסידור קידושין. כשהגיע לחתונה וראה את רבינו, דודו של החתן, סירב בענוותנותו לסדר הקידושין, והתבטא: הלא גדול הדור כאן ומה שייך שאני אסדר קידושין.
כמובן שרבינו מאד לא אהב לשמוע את ההגדרה, וטען אדרבה, זה טעות מעיקרא, שכן הרב שך הוא גם ראש הישיבה שלו וגם גדול הדור. כך נמשך הוויכוח מי יסדר את הקידושין זמן מה, עד שהרב שך אמר לרבינו: אפילו לפי דבריך, זאת אין הרי להכחיש שאתה הדוד של החתן, מה שאין כן אני אינני קרוב אליו? ענה רבינו בטענה פשוטה: הלא גם לפי דבריך שקרוב קודם, הלא ראש ישיבה הוא רבו של החתן והוא גם אביו מולידו ברוחניות וממילא אין על מה לשוחח, ואכן כששמע זאת הגרא"מ שך נכנע.
הנהגה רחימאית זו עם התלמידים עמהם נהג בכל עוצמת מידותיו המופלאות, גרמה להם לאהוב אותו אהבת נפש. הם הרגישו שהוא חפץ כל כולו בטובתם, ולא רק שהוא חפץ להצליח בתפקידו לגדלם לתלמידי חכמים, אלא אוהבם כבנים חביבים ומכח זה רוצה לגדלם ולחנכם.
מספר הגאון רבי אביגדור נבנצאל רבה של העיר העתיקה, תלמידו המובהק. מהיום הראשון בו הרביץ תורה בישיבת קול תורה, הרגשנו, כל אחד ואחד מבני השיעור, שרבינו חפץ ביותר בטובתו של כל אחד ואחד באופן אישי ויעשה כל מאמץ לגדלו ולחנכו. זכורני, שבשיעור הראשון שלימד בשנת תש"ט התבטא בשיעורו שהוא נכון לעשות הכל לגדלנו ואם נרצה נעשה תלמידי חכמים. והוסיף, אצלי זה גן עדן לבטלנים. כוונתו שהוא לא מלחיץ אותנו ומי שלא יקשיב לשיעור ולא ילמד ההפסד כולו שלו. המציאות היתה שכאשר ראו את מסירותו אלינו למדו כולם מצוין.
למרות זאת, היו פעמים שהוכיחנו, אך תוכחותיו היו נעימות ומתוקות מדבש. זכורני כי פעם דיברתי שלא מספיק בדרך כבוד הראוי ואף צחקתי במהלך השיחה עמו, והוכיחני בצורה חכמה, באמרו, כנראה שהיום סמכת גאולה לתפילה, כי הגמ' אומרת (ברכות ט:) על רב ברונא שיום אחד סמך גאולה לתפילה ולא פסק החיוך מפניו. כך הוכיח את התלמידים בצורה של כבוד כאשר חכו ממתקים וכולו מחמדים.
בענין זה סיפר בן רבינו הגאון רבי מאיר שמחה רב שכונת הדקל בביתר, ששמע מאחד מחשובי רבני הקהילות בארץ שכשאר הגיע ללמוד בישיבה, הרגיש בשבוע הראשון קושי גדול בגלל המרחק מביתו שהיה בעיר אחרת. הקושי היה רב כל כך עד ששקל לחזור לביתו. והנה ביום שישי נסע לאחד מקרובי משפחתו בירושלים, והנה עודנו עולה לאוטובוס, עלה רבינו אף הוא ובראותו אותו התיישב לידו, הוא היה נבוך, בחור שהשבוע נכנס לשיעור א' וראש הישיבה המפורסם והנערץ מתיישב לידו. הוא החל משוחח איתו בקרבת דעת ונעימות, ושאלו על משפחתו, ואז התברר שהכיר היטב את אביו, כך גלגל איתו שיחה נעימה כדבר איש אל רעהו עד שירד מהאוטובוס. הוא הרגיש כזו נעימות ושייכות, כך שכל מחשבותיו המטרידות נמוגו ונעלמו, וכשחזר היה זה בשמחה רבה ולמד במרץ רב, עד שכאמור התעלה להנהיג את אחת מקהילות הקודש החשובות.
מוסיף הגר"א נבנצאל: כל ימיו נזהר מאד שלא להטריחנו חלילה, ולמרות שהלא עפ"י ההלכה כל מה שעבד כנעני חייב לעשות לרבו גם תלמיד חייב לעשות לרבו המובהק, בכל זאת למרות שהיה מורי ורבי המובהק והייתי קרוב אליו רבות בשנים, מעולם לא ביקש ממני דבר, וכנראה שגם עם אחרים נהג כך. רק פעם אחת ויחידה ביקש ממני טובה והתנצל על כך שוב ושוב, על כך שהוא מוכרח לבקש זאת ממני. ומה היתה הטובה שביקש? קבענו ללמוד בשעה תשע בבוקר בחברותא, והיה צריך להפסיק לימודו בשעה עשר ורבע. על כך התנצל מספר פעמים. על כך שהוא מוכרח לנצל אותי לכך. עד כדי כך נזהר שלא לנצל אף את קרוביו.
שהחיינו על פגישה עם תלמידים
עד היכן הגיע אהבתו וחיבתו לתלמידים? מספר הרה"ח רבי יעקב דוד צין משיכון ויזניץ בבני ברק, נכנסתי פעם בחול המועד סוכות לבקרו, והגיע אז גם עוד תלמיד מהחביבים ביותר לרבינו. הוא הביע שמחה רבה לקראתנו והתבטא שהוא כל כך שמח לראותנו ומצד הדין הוא יכול לברך שהחיינו בשם ומלכות, כי הוא באמת שמח מאד, והסביר למה בכל זאת אינו מברך, כי לא לכל תלמיד הוא כה שמח עד כדי ברכה, והוא לא רוצה שיהיו הבדלים בזה שלזה בירך ולזה לא ולכן אינו מברך, אבל תדעו שמצד שמחתי מותר היה לי לברך עליכם.
כאמור, רבינו עשה כל טצדקי לקרב את התלמידים. כך גם הנחה את תלמידיו העוסקים במלאכת החינוך לקרב את התלמידים ולעשות את כל המאמצים לא לרחק, וכל שכן לא לסלק מהישיבה בלי לסדר להם מקום שיהיו מרוצים בו, שהרי הסכנות השוררות ברחוב כה נוראות ובלי מסגרת לימודית הסיכון גדול.
מעשה שהגיעה אליו משלחת של מחנכים כדי לקבל הסכמתו להרחקת בחור מהישיבה. לאחר שסיימו לתאר את מעשיו של הבחור שאינם מאפשרים להחזיקו בישיבה, נראה היה לשואלים שרבינו מבין אותם וקבלו הסכמתו, ולפני שקמו ללכת. שאלם רבינו, האם אתם מתפללים עליו, האם אתם אומרים עליו תהילים, ובעודם נבוכים קמעא הוסיף ושאלם: האם צמתם עליו?
איך שולחים בחור מהישיבה, כשנאלצים לעשות זאת?
סיפרו בני הישיבה שכאשר התייעצו איתו והיה מייעץ להם איך לנהוג, היה נוטע בהם אימון והיה רגיל על לשונו, אתה תצליח, אני משוכנע, אתה תצליח! סיפור מרעיש מספר אחד מבוגרי הישיבה, אחד מחבריי עשה מעשה מסויים שגרם לרבני הישיבה ששקלו ודנו בדבר לעומקו לשלחו מהישיבה מיידית. כך היה, רבינו חיכה לבחור בסיומה של תפילת מנחה וביקשו לארוז את כל חפציו וממני ביקש להזמין מונית ולהמתין איתה במרחק מה ובלתי נראה, ואכן כעבור כרבע שעה, הופיע עם רבינו ויחדיו עלו למונית ומאז לא ראיתיו.
כעבור עשרות שנים רבות נפגשנו שוב והנה הוא תלמיד חכם גדול ומרביץ תורה חשוב. לגודל ידידותינו ביקשתיו, ספר לי מה היה מאז שנפרדנו. וכך סיפר, כשרבינו קרא לי אמר לי שבעקבות מצבי הוחלט בהנהלה שבישיבה לא אוכל להישאר ועלי לעוזבה. כשליווה אותי לחדרי, ציין שכעת הפנימיה ריקה שכן כולם עדיין בארוחת צהרים, לכן בחר בשעה זו לזרזני שלא יראוני עוזב ואתבייש. כשעלינו למונית אמר לי שאני מוזמן לארוחת צהרים איתו בביתו. כשנכנסו הביתה, אמר לרבנית, יש לנו היום אורח חשוב. התיישבנו שלשתינו למעין "ארוחת צהרים חגיגית" בה דיבר איתי בלבביות, לאחר מכן הכניסני לאחד מחדרי ביתו והראה לי היכן אוכל להניח חפציי ולנוח מנוחת צהרים. כשנכנסנו שמעתיו מדבר עם הוריי ברוגע ובנעימות וסיפר להם את סיפור המעשה המורכב ושאני נמצא בביתו ואמר שהוא לוקח על עצמו להשיג לי ישיבה, כדי שאוכל להתחיל דף חדש. לא אוכל לתאר את התרגשותי מהיחס המלבב אלי בין בשיחה איתי בין בשיחה עם הורי וכל הכבוד שהנחיל לי.
לאחר מכן ליווני ואמר שיטפל בענייני. כעבור שבוע התקשר ואמר שהוא שמח לומר שמצא ישיבה חדשה שנפתחה באותה תקופה שנפתחה אז, וביקש שיהיה לי איתו קשר לכל הפחות פעם בשבוע שיוכל לשמוע מה איתי ואיך אני מסתדר. שנה שלימה ליווה אותי בעידוד ועצה, עד שחשתי שנולדתי מחדש ולא פלא שהיו לי את הכוחות לעלות משאול תחתיה להיכן שאני נמצא היום.
וסיים אותו בחור ואמר, אלמלי האימון ובעיקר האכפתיות שלו, אינני יודע היכן הייתי נמצא היום.
(מתוך הספר גאון ישראל)