מֵהלכות התפילה ביום הכיפורים
* מצוָה על כל ישראל, אנשים ונשים, להתוודות ביום הכיפורים; ומנהג ישראל להתוודות בערב יום הכיפורים וביום הכיפורים עשרה וידויים.
* נוסח 'כל נדרי', תוּקן בתחילתו בלשון עבר, כהתרת נדרים לנדרים שנָדרו במשך השנה; והראשונים תיקנו לאומרו בלשון עתיד, כ'מסירת מודעה' לביטול הנדרים שידרו בעתיד, במשך השנה. ומנהג רוב ישראל בימינו, לומר את שתי הנוסחאות, בלשון עבר ובלשון עתיד. ולמרות מסירת המודעה לביטול הנדרים, אין לעבור על נדר ללא התרת נדרים כדין, כי אם במקרה של 'צורך גדול'.
* בכל ימות השנה, אומרים 'ברוך שֵׁם' בלחש, מפני שזוהי שירת המלאכים, אבל ביום הכיפורים, שבו ישראל נדמים כמלאכים, אומרים 'ברוך שם' – בקריאת שמע בערבית ובשחרית – בקול רם.
* בליל יום הכיפורים, יש הנוהגים ללון בבית הכנסת. ויש שכתבו, שראוי לישון בבית כרגיל, כדי שיוכלו להתפלל למחרת בעירנות ובכוונה.
מֵהלכות תפילת מוסף ביום הכיפורים
* זמן תפילת מוסף לכתחילה, הוא לפני סוף השעה ה'זמנית' השביעית, שהוא כחצי שעה לאחר זמן 'מנחה גדולה'. ומן הראוי להתחיל תפילת מוסף לפני זמן מנחה גדולה.
* ב'כורעים' שבתפילת מוסף של ראש השנה – נחלקו הפוסקים אם מותר לכרוע על גבי שטיח הקבוע בריצפת בית הכנסת.
* נהגו להעמיד 'סטנדר' לפני עמוד התפילה הקבוע של שליח הציבור בתפילת מוסף של ראש השנה, ולפני ה'כריעה' מזיזים את הסטנדר, ובתמיכת אחרים הוא כורע על ברכיו, ושב ועומד ללא הזזת הרגלים.
* יום הכיפורים נקרא בתורה 'כיפורים' בלשון רבים, משום שנדונים ומתכפרים בו הן החיים והן המתים; ולכן, יש הנוהגים לנדור ביום הכיפורים נדרי צדקה לעילוי נשמת המתים.
מֵהלכות תפילות מנחה ונעילה ביום הכיפורים
* ביום הכיפורים שחל בשבת, לא אומרים לפני קריאת התורה בתפילת מנחה את הפסוק 'ואני תפילתי'; ולמנהג בני אשכנז, גם לא אומרים את פסוקי 'צדקתך' לאחר תפילת מנחה.
* חולה שאינו צם ביום הכיפורים, יש שהסתפק אם רשאי לעלות לתורה בקריאת התורה שלפני תפילת מנחה. ורבים מהפוסקים כתבו, שרשאי לעלות לתורה.
* לפני תפילת מנחה של יום הכיפורים, לאחר קריאת התורה, קוראים ל'הפטרה' את ספר יונה, כדי לעורר את השומעים לתשובה, כדרך שהתעוררו תושבי נינוה, וכדי להזכיר שלא ניתן 'לברוח' מהשי"ת.
* לכתחילה יש לסיים את תפילת נעילה עד צאת הכוכבים, אך יש שנוהגים להמשיך בתפילה לאחר צאת הכוכבים. ובמקום שהכהנים מברכים ברכת כהנים בנעילה, יש להקפיד שיברכו לפני השקיעה.
* מותר לומר לגוי לטלטל מוקצה בשבת לצורך שימוש בגופו של חפץ המוקצה, או במקום שבו הוא מונח; ו'כלי שמלאכתו לאיסור', מותר לומר לגוי לטלטלו לכל צורך שהוא. ואין להתיר זאת לעם הארץ.
* במוצאי יום הכיפורים, תוקעים בשופר, כדי ללוות את השכינה, וכסימן לכך שמוצאי יום הכיפורים הוא זמן שמחה וכעין 'יום טוב' ויש להרבות בו בסעודה.