שבעה ימים לפני שהכהן שורף את הפרה האדומה היו מפרישין אותו מביתו ומזין עליו כל יום, מי חטאת לטהרו. מי שמזה על הכהן חייב להיות אדם שלא נטמא מעולם, ולכן היו נשים יולדות בחצירות מיוחדות שאין בהם חשש טומאה, ומגדלות שם את ילדיהן בטהרה כדי שיזו על הכהן. ועם כל ההקפדות על הטהרה ,ביום שריפת הפרה היו מטמאין את הכהן השורף בשרץ והוא טובל ואח״כ עוסק בשריפת הפרה. וכל כך למה בגלל שהצדוקין היו אומרים שהכהן העוסק בשריפת הפרה חייב להמתין להערב שמש, ובכדי לבטל את דבריהם היו מטמאין אותו ומטבילין אותו בעוד יום ולא ממתינים להערב שמש, וכדברי הרמב״ם: ׳כדי לבטל דברי אלו הזדים שמורים מהעולה על רוחם לא מן הקבלה׳ ׳והרחקות גדולות הרחיקו מטומאת המת בכל מעשיה מפני שהיא כשרה בטבולי יום חשו שמא יבואו לזלזל בה׳.
כהן משמש על גבי המזבח ואוכל קדשי קדשים ועם כל זאת הוא טמא לפרה אדומה.
על אף שפרה אדומה אינה נשחטת ונשרפת במקדש, אלא בהר הבית, החמירו בה כל כך שאפילו כהן טהור שעומד ומשמש על גבי המזבח, אם לא יטבול ויטהר באופן מיוחד לשם פרה אדומה שנקראת ׳פרת חטאת׳ אינו טהור לפרה זו.
כל מלאכה קטנה פוסלת את הפרה, ועם כל זאת היו רוכשים את הפרה מהעכו״ם
ומה קרה לגוי שניסה לרמות את החכמים?
כל מלאכה שנעשית בפרה אדומה פוסלת אותה, ואפילו רק הניח טליתו עליה או נשען עליה פסלה, ועם כל זאת מותר לקנות את הפרה מהעכו״ם ולא חוששים שעשה איתה מלאכה, דמשום שהעכו״ם יודע שדמיה יקרים ולא יפסיד את כספו בגלל הנאה קטנה, וכך הביא ב׳אליהו רבה׳ והא דלא חשו חכמים לדלמא העלה העכו״ם עליה עול משום דסימן היה להם בשתי שערות שיש על צוואר הבהמה שהן עומדות ואם עלה עליה עול הן נופלות. כדאיתא בפסיקתא זוטרתי, פעם אחת הוצרכו ישראל לפרה אדומה מצאוה אצל נכרי אחד הכיר בה שהן צריכין לה הרבה והעלה בדמים מרובים, נתנו לו כל מה שביקש מהם אמר להם הניחוה עד למחר ולמחר תקחוה מה עשה אותו הטמא העלה עליה עול. ומנין ידעו, שתי שערות יש לה על צווארה, כיון שעולה עליה עול מיד נופלת. אמרו לו קח את שלך ותן לנו הממון שכבר נפסלה הימנו. הלך אותו הטמא וחנק את עצמו מחמת צער.