לחילולי השבת יש מחיר כבד ביותר. מנכ"ל רכבת ישראל המסיים את תפקידו בשבועות הקרובים, מספר – כך על-פי ידיעה בעיתון 'שחרית' בשבוע שעבר – כי הרכבת מתקשה לשרת את נוסעיה מכיוון ש"אין מספיק מסילות, אין מספיק רכבות וגם אין מספיק כסף שהשקיעו. בפתיחת השנה, אגורה אחת לא הגיעה, לא ממשרד התחבורה ולא ממשרד האוצר. כל התקציבים נעצרו. שלחתי להם מכתבים נזעמים".
המנכ"ל שחר איילון הדגיש כי כדי לפתור את בעיותיה של הרכבת מהשורש, יש צורך בהשקעות עתק: "מערכת האיתות שקרסה היום היא בת 40 שנים. אנחנו מחליפים אותה בעלות של מיליארד שקל. אלו השקעות אדירות". איילון המשיך וצייר תמונת מצב קודרת של הצפוי לאזרחי ישראל בשנים הקרובות. לדבריו, "הציבור הולך לעבור 6 שנים קשות מאוד", לאור העובדה שלא ייפתחו בהן תחנות וקווים חדשים. "הציבור יראה הרבה מאוד עיכובים בגלל חשמול הרכבת, שמחייב לסגור ולצמצם קווים".
עסקנים המוחים על חילולי השבת המחפירים של עובדי הרכבת מסרו בתגובה: "מנכ"ל הרכבת יכול להאשים את כל מי שרוצה, אבל האמת תישאר האמת: אין שום סיבה הגיונית שמדינה שכ"כ גאה בהישגים שלה בטכנולוגיה, ומסייעת לכל מדינות העולם, בדיוק בדבר הפשוט הזה שקוראים לזה 'רכבת', שבכל עולם המערבי זה דבר הכי בסיסי שיש, בדיוק כאן הפשלות רודפות פשלות וכשלונות רודפים כשלונות. מנהלי הרכבת והעומדים בראש המדינה – תודו בפה מלא: כן, אכן השבת תובעת את עלבונה, תודו ותתוודו, אולי כך יפסקו הבעיות".
ועוד באותו ענין: התבטאות מעניינת של הגר"י זילברשטיין שליט"א בענין הרכבת, פורסמה בקונטרס 'ווי העמודים' במענה לשאלה שנשלחה אליו כדלהלן: "בחודש תשרי החלו לנסוע ברכבת לירושלים, ושלושת החודשים הראשונים הם חינם. והנה, עבודות התשתית לרכבת נעשו, לצערנו, תוך חילולי שבת מחפירים, ורציתי לשאול, האם מותר לנסוע ברכבת כזו, שהתשתיות שלה יוצרו חילולי שבת, ואולי עכשיו שזה בחינם מותר, כי לא משלמים להם, אבל לאחר מכן כשהנסיעה תעלה יהיה אסור? מצד שני, אולי דווקא כעת אסור לנסוע, כי צריך להמתין כנגד כל השבתות שעבדו בהן, וכפי שנפסקה ההלכה שמי שעשה מלאכה בשבת, צריך להמתין בכדי שיעשו?"
תשובת הגר"י זילברשטיין: "אולי יש מקום למצוא לכך היתר בדוחק, כי לא ידוע עד בדיוק כמה השבתות שחוללו הועילו לזרז את פתיחת הרכבת, ואולי אדרבה, כל התקלות היו בגלל שחיללו את השבת, אבל בכל זאת, ראוי לכל ירא שמים להימנע מלנסוע ברכבת שהפסים שלה נבנו בשבת בפרהסיה, ואדם כזה נקרא חרד לדבר ה', שהוא נזר כל הבריאה".
עוד אמר: "מסתבר שכאשר יגיע משיח צדקנו, יבטל במהרה את הפסים המאוסים האלו שנבנו תוך כדי חילול שבת, ולא כפי שחושבים שבניית הרכבת לירושלים היא סימן לקירוב הגאולה! כי איך יתכן לחשוב שניסע למקום מקדשנו ותפארתנו ברכבת שנבנתה תוך כדי חילול שבת בפרהסיה?".