שואל המבי"ט בספרו 'בית אלקים' - הלא הלכה פסוקה היא שאסור להגביה את הקול בתפילה? ומשיב - איסור זה הוא רק בתפילות הקבועות, אולם בתפילה בעת צרה מותר להגביה את הקול, כי האדם אינו מסוגל להתפלל בנחת, וצועק מתוך צער והכרה כי אין לו מציל מלבד השי"ת; ובאופן זה היתה תפילת משה רבנו, שאמר לו פרעה: "העתירו אל ה'... ואשלחה את העם", והיה נראה כי יציאת ישראל ממצרים תלויה בהסרת הצפרדעים, ולכן צעק בתפילתו.
תשובה נוספת לשאלה זו: איסור הגבהת הקול בתפילה מוזכר בשולחן ערוך בהלכות תפילת העמידה, ואכן בנוגע לתפילת העמידה אין חולק שיש לאומרה בלחש. אך בנוגע לפסוקי דזמרה - האריז"ל נהג לאומרם בלחש, וכן כתב המשנה ברורה שטוב שלא לאומרם בקול רם; ומאידך, רבים מהפוסקים כתבו על פי דברי חז"ל והראשונים שאיסור הגבהת הקול הוא רק בתפילת שמונה עשרה, אך שאר חלקי התפילה - אדרבה רצוי לאומרם בקול רם, וכן פסק הערוך השולחן; ואף המשנה ברורה עצמו כתב לגבי תפילות וברכות שונות שיש לאומרם בקול רם. לפי האמור, אין כל שאלה מדוע הגביה משה רבנו את קולו בתפילתו.
ברם, יש שכתבו כי אף בתפילה מזדמנת בעת צרה אסור להגביה את הקול, ולדבריהם קיימת השאלה - מדוע צעק משה רבנו בתפילתו. ואכן, הגר"ח קניבסקי מבאר על פי דברי המדרש כי משה רבנו לא צעק בתפילתו, והביטוי 'ויצעק' אין פירושו הרמת הקול, אלא שהתפלל בסוג של תפילה המכונה 'צעקה' הבאה ממעמקי הלב.
עניָן הלכתי נוסף בקשר לתפילת משה על הצפרדעים מעורר ה"שפתי חכמים", שמסביר כי משה רבנו צעק משום שהמתפלל צריך להשמיע את תפילתו לאוזני עצמו, ובגין קרקורי הצפרדעים הוכרח להגביה את קולו. ואומנם ה'פלא יועץ' מסתפק אם במקרה כזה צריך להגביה את הקול, אולם פוסקי זמננו - הגרש"ז אויערבך, הגר"ש ואזנר והגר"ח קניבסקי - הורו כי המתפלל בסביבה רועשת אינו צריך להגביה את קולו, ודי שיתפלל בקול כזה שלולי הרעש היה שומעוֹ, ושלא כדעת ה"שפתי חכמים".
[מקורות: שו"ע או"ח קא, ומשנ"ב, ז; ביאורים ומוספים דרשו, 18-19; חשוקי חמד, ברכות לא, א; פנינים מבי מדרשא, פר' וארא]