אמירת תחנון מכונָה 'נפילת אפים', משום שבעבר נהגו לאומרו תוך 'נפילה' בצורת קידה על הקרקע, עם הפנים כלפיה. במשך הדורות השתנה המנהג, וכיום אומרים תחנון בהטיית הראש וכיסוי הפנים בלבד. הטיית הראש מקורה בכך שקידה על רצפת אבן אסורה ללא הטיית הראש הצידה, ולכן נהגו בעבר להטותו, והמנהג נותר עד ליָמינו. לדעת השולחן ערוך יש להטות את הראש על יד שמאל, ולדעת הרמ"א - בשחרית שיש תפילין בשמאל, משום כבודן יש להטות את הראש על יד ימין, ובמנחה - על יד שמאל. [סעיף ג, ס"ק ג, ו ו־ז, וביה"ל ד"ה להטות]

כאמור, נפילת אפים בימינו מתבטאת בכיסוי הפנים. הקדמונים כתבו מספר טעמים לדבר: 1. כיסוי הפנים הוא מדרכי הענוה, הבושה והיראה, הראויות לפני השי"ת; 2. שלא ישמעו איש את רעהו, כדרך שהיה בעת השתחוויה בבית המקדש, שהיו רחוקים ארבע אמות זה מזה כדי שלא ישמעו איש את דברי רעהו; 3. כיסוי הפנים מסייע לכוונה. ומדברי הקדמונים נראֶה שעיקר ההקפדה היא על כיסוי העינים. ויש לכסות את הפנים דווקא בבגד, ואין די בכיסויָן ביד עצמה, כיון שהיד חלק מהגוף, ואין גוף נחשב ככיסוי לעצמו. [ס"ק ג; ביאורים ומוספים דרשו, 7]

בין תפילת שמונה עשרה ל'תחנון', אין להפסיק ולעסוק בשיחה שלא מעניני התפילה, משום שבכך גורם שבקשותיו בתחנון לא תתקבלנה כראוי; ועל פי הקבלה אין להפסיק בדיבור כלל. ואמירת 'והוא רחום' או סליחות מותרת לכתחילה; ויש קהילות שמנהגן לומר והוא רחום לאחר תחנון. ויש שכתבו שאין לומר את הפסוקים הנאמרים בעת פתיחת הארון, או 'עלינו לשבח', לפני תחנון. אולם, לעניית דברים שבקדושה - 'אמן', אמן יהא שמיה רבה' וכיוצא בהם - חובה להפסיק הן לפני תחנון והן בשעת אמירת התחנון. [סעיף א וס"ק א; ביאורים ומוספים דרשו, 2-5]