שיטת הלימוד המקובלת בדורות האחרונים, היא בבחינת הופעה מן השמים לחבב ולהכניס מתיקות ועריבות בסברות הלימוד, לנתח בישרות ובהבנה כל ענין או סוגיא מסובכת, ולמצוא את הנקודה העיקרית שהיא נשמת הסוגיא, וכשרק מוצאים את הנקודה הזאת מתיישבים ממילא כל הקושיות התמיהות והדקדוקים שעמדו עליהם. כי הכלל הוא שעל קושיה אין לחפש תירוץ מקומי, אלא צריך לחדור לתוככי הענין פנימה ולהבין שורש הדבר, כי אז שוב לא יהיה מקום לקושיות. וכיתרון האור מן החשך, יתרון מי שיש לו דרך נכונה בלימוד מזה שאין לו ולא קיבל מרבותיו את הדרך ישכון אור, שאפילו אם שוקד על תלמודו אור לא ראה.
בענין הזה היה הרבה ללמוד ממו"ר הגה"צ ר' משה מידנר ז"ל, שזכיתי ללמוד את דרכו המיוחדת מספריו על מסכתות הש"ס (שהיו בכת"י ונשמדו בעוה"ר), והוא היה ממקורביו של הגרח"ס ז"ל וקיבל ממנו הרבה, נוסף על מה שקיבל מרבו א"ז מרן הס"ק מסלונים ז"ל שהיה לומד אתו שיעורים קבועים בנגלה. הגרמ"מ היה מתחיל בכל ענין ראשית מהמקור, מדרשות חז"ל על הפסוק עצמו, והיה עובר עליהם באופן יסודי והקשה עליהם, וכן הביא הרמב"ם ושאר הפוסקים עד שהביא גם האחרונים אשר מפיהם אנו חיים ומימיהם אנו שותים, ובאריכות דבריו הביא קושיות לעשרות, ואח"כ כתב חידוש משלו בעיקר יסוד הענין שממש האיר העינים, והכל התיישב עד המקור דרשות חז"ל על הפסוק, והיה נדמה לנו כי אור חדש האיר עכשיו על כל הענין, וראו תורת אמת ותורה אור מהו, אין שכל הענינים הקשים והמסובכים מתיישבים.
ומבית מדרשו היה אפשר ללמוד לא להיגרר בתורה אחרי הברקות שאין להם תוכן, ורק לשון מדברת גדולות היא, לשקול כל סברא עשרת מונים אולי יש בה משהו עקמומיות, ולחפש האמת לאמיתו, וכמו ששאל פעם את מו"ר הגרא"ש הירשוביץ הי"ד ראש ישיבתנו כשדיבר אתו בענין מסויים במס' יבמות, האם מכח סברא זו היה מר מתיר עגונה, וכשענה לו רה"י שאמנם עד כדי כך לא אבל בדרך מו"מ אפשר לומר זאת, אמר לו הגרמ"מ: סברא שא"א להתיר עגונה על פיה, מתוך הרגשה שאינה תורת אמת, מוטב לה שלא לאומרה כלל.
והנה בספר תולדות יעקב יוסף מבאר בהא דאחז"ל (חגיגה ה) עה"פ ושבתם וראיתם בין עובד א' לאשר לא עבדו, אינו דומה שונה פרקו מאה פעמים לשונה פרקו מאה פעמים ואחד, דלכאורה איך בשביל הפעם האחת הנוספת נקרא זה עובד א' וזה אשר לא עבדו. ומבאר שהכוונה שונה פרקו מאה פעמים ואחד היינו עם האחד, שזוכר בעת לימודו את האחד המיוחד ית"ש ולכן נקרא עובד א' וכמסופר על הגאון הרבי ר' העשיל ז"ל מקראקא, שבתוך הרעש הגדול שהי' בשיעורו בריתחת פלפולי דאורייתא היו שומעים את קולו שצועק "אשרי איש שלא ישכחך". כך צריך להיות לימודו של בן ישיבה, שעם רוב התייגעותו והתעמקותו בתורה וחידושי התורה שמחדש בכל כוחו, מפעם לפעם יזכור מנותן התורה. וכן צריך להשתדל ביותר, שלא לדבר מתוך התנצחות ולקנטר ולעמוד על דעתו, וגם בלימוד להיות נח למקום ונח לבריות.
והנה אחז"ל לעולם יעסוק אדם בתורה שלא לשמה, שמתוך שלא לשמה בא לשמה (פסחים נ ) ומקשים ע"ז שהלא רואים הרבה אנשים שכל ימיהם עוסקים בתורה שלא לשמה ולכלל לשמה לא באו. וכידוע שמרן בספרו "יסוד העבודה" האריך ומחמיר ביותר שגם לימוד ע"מ להתכבד אינו בכלל זה ומיקרי שנהנה מד"ת. אמנם גם ע"פ שיטתו יש שער ופתח לכל אחד באשר הוא, וכמו שמסיק (בח"א פ"ז וח"ב פ"ז) דמה שאסור ללמוד תורה כ"א לשמה, היינו דוקא מי שאינו מצטער על דבר זה, אבל האדם המצטער ומחפש עצות נאמנות אשר עי"ז יתקרב אל המצוה וילמד תורה לשמה, באופן כזה שלימודו שלא לשמה הוא מתוך אונס כיון שאין זה בידו להתגבר על יצרו, אך בעצם כוונתו בלימוד הזה שמתוך לימודו הזה יבוא ללמוד לשמה, לאיש זה מצוה שילמד אפי' שלא לשמה ועל לימוד כזה אחז"ל שלעולם ילמוד שלא לשמה, כשעיקר מטרתו ותכליתו היא שמתוך לימודו יבוא ללימוד לשמה.
בכלל קנין התורה שעל בן ישיבה לרכוש בשנות לימודו בישיבה שלושה ענינים א. שיטת הלימוד, איך ללמוד ולהבין בישרות ובעמקות. השגת שיטת הלימוד היא רכוש עצום בקנין התורה הפותח לפניו שערי תורה, ומכשיר את האדם לגדלות. ב. ידיעת התורה. בשנים שלומד בישיבה צריך לרכוש הרבה ידיעות בתורה, גם בגמרא פשוט, ועליו לעבור לכה"פ על רוב חלקי הש"ס חוץ מהמסכתות שנלמדות בעיון, וגם לרכוש הרבה בקיאות בשו"ע הלכה למעשה כפי יכלתו, ולהשתדל שתהיינה לו ידיעות ולו אפילו שטחיות בכל העניניים, כי א"א להצליח בתורה אלא בהשלמת הלימוד העינוי ולימוד הבקיאות. ג. לרכוש מדת השקידה בתורה, ועל ידה להרגיש מתיקות ועריבות התורה, כי אין אדם משיג טעם ומתיקות לימוד התורה, אלא אם כן שוקד עליה, וכמאחז"ל אין ד"ת מתקיימין אלא במי שממית עצמו עליה. ועל השקידה אנו מובטחים מחז"ל יגעת ולא מצאת אל תאמין. אם בכל הכשרונות שבאדם, הרי יש שמצליחים ויתכן פעמים שגם לא מצליחים, לא כן בשקידה ועמלה של תורה, שאנו עמלים ומקבלים שכר שיגעת ומצאת.
ואם לא השיג שלש אלו בימי הבחרות הרי זו אבדה שאין לה תמורה. צריך להיות קבוע בלב כל מי שרוצה לקנות תורה, שאם יבזבז זמנו לדברים אחרים אפי' שיש בהם חשיבות, וגם כשמקובל בחיי ישיבה שמשתתפים בכגון דא, תורה לא ישיג עי"ז, וה"ז בכלל מעוות לא יכול לתקן