הנוגע בידיו בגופו במקומות שדרכם להיות מלוכלכים בזיעה או לכלוך אחר - המכונים 'מקומות המכוסים' - אסור באמירת דברי קדושה: ברכות, תפילה ודברי תורה, עד שינקה את ידיו, אולם מותר לו לחשוב בדברי קדושה. והנוגע בצואת האף או האוזן - נחלקו הפוסקים אם דינו כנוגע במקומות המכוסים; ויש שפירש כי אף לדעת החולקים, הנוגע בתוך האף והאוזן דינו כנוגע במקומות המכוסים. והנקיון הנדרש לידים שנגעו במקומות המכוסים: לתפילת העמידה - חובה לרחוץ במים; ולברכות ולדברי תורה - לכתחילה ראוי לרחוץ במים, אך בדיעבד די בנקיון ללא מים, כגון שפשוף הידים בקיר או בבגד. וידים המלוכלכות בטיט ובבוץ: לתפילת העמידה - יש אומרים שצריך לרוחצן במים, ויש שנראה מדבריו כי די בנקיון ללא מים; ולברכות ולדברי תורה - אין צורך לנקותן, אך לכתחילה ראוי לנקותן. [סעיף ו-ז, ס"ק כו, כט ו־ל, וביה"ל ד"ה והסיח; ביאורים ומוספים דרשו, 28, 32, 33, 34 ו־35]

כאמור, הנוגע בידיו ב'מקומות המכוסים' אסור בתפילה עד שירחץ את ידיו במים; ואף אם נזכר באמצע פסוקי דזמרה או ברכות קריאת שמע שידיו אינן נקיות, או שנגע אז בידיו במקומות המכוסים - עליו להפסיק ולרחוץ את ידיו. ומי שיש 'הפסקת מים' באיזור שנמצא בו, עליו ללכת עד מרחק של 'מיל' (960-1,152 מטר, לשיטות השונות) למקום שידוע בוודאות כי יש בו מים. והנמצא בדרך, ואין בידו מים, לא יתפלל אם ידוע לו שיוכל להשיג מים בהמשך דרכו במרחק של עד ארבעה 'מילין'. ואם קיים חשש שיחלוף זמן קריאת שמע או תפילה עד שימצא מים, או אף אם יפסיד תפילה בציבור משום כך - ינקה את ידיו ללא מים (ראה לעיל). וכן אם נזכר באמצע תפילת העמידה שידיו אינן נקיות, או שנגע אז בידיו במקומות המכוסים - ינקה את ידיו ללא מים. [סעיף ד-ו, ס"ק טו, יז, יח, כ ו־כא, וביה"ל ד"ה אבל]

חכמינו ז"ל תיקנו ליטול ידים לפני תפילת העמידה, ואף כשלא ידוע שהן מלוכלכות; ויש אומרים שצריך ליטול גם לפני קריאת שמע. ואין לברך על הנטילה, ואין צורך לנגב את הידים לאחריה. והנוטל את ידיו לסעודה או ל'מים אחרונים', ולא התכוון לשם התפילה - צריך ליטול את ידיו לתפילה. אולם, הנוטל את ידיו לאחר השינה בבוקר, או הנוטל את ידיו לסעודה וכוונתו גם לתפילה, - אינו צריך ליטול שנית, אלא אם כן הסיח דעתו משמירת נקיון ידיו. וכן אם נטל ידיו לתפילה אחת, ונותר בבית הכנסת או שלא הסיח את דעתו מנקיון ידיו עד לתפילה הסמוכה לה, דהיינו שחרית ומוסף, או מנחה וערבית - אינו צריך ליטול ידיו לתפילה השניה. והנוטל ידיו ללימוד התורה, צריך לשוב וליטול את ידיו לתפילה שלאחר הלימוד, אך אם נטל לתפילה ולומד מעט קודם התפילה - אינו צריך ליטול שנית. [סעיף ד ו־ה, וס"ק יד, כג, כד ו־כה; ביאורים ומוספים דרשו, 23, 24, 25 ו־29]