אם אין כהן בבית הכנסת, יעלה ישראל או לוי לתורה במקומו; ויכריזו "במקום כהן", כדי שלא יטעו לחשוב שהוא כהן. ואם עלה ישראל במקום כהן, ונכנס כהן לבית הכנסת, או שגילו כי יש כהן בבית הכנסת: אם טרם אמר הישראל את שם ה' שבתחילת ברכת "אשר בחר בנו" - אף שכבר אמר 'בָּרכו' - יעלה הכהן לתורה; והישראל יעמוד שם עד לאחר עליית הלוי, ויעלה לתורה שלישי. ואם כבר אמר את שם ה', לא יאמר "למדני חוקיך", וימשיך בברכתו, ולא יעלה הכהן. וכשעלה ישראל או לוי ראשון, אין להעלות אחריו כהן או לוי. [סעיף ו וס"ק יט, כ, כד ו־כה; ביאורים ומוספים דרשו, 36]

אם עלה כהן לתורה ראשון, ואין לוי בבית הכנסת, או שמסיבה כלשהי הלוי אינו יכול לעלות - יעלה הכהן פעם נוספת; ויכריזו תחילה "במקום לוי". ולא יעלה ישראל לתורה במקום הלוי, כדי שלא יטעו לחשוב שישראל זה לוי הוא; וכן כדי שלא יאמרו כי דבר זה - שלא עלה לוי אחרי הכהן - הוא סימן לכך שהתגלה פגם בכהונתו של הכהן, אשר מחמתו לא עלה לוי אחריו כסדר הרגיל. ומפני חשש זה גם לא יעלה כהן אחר במקום הלוי - שמא יאמרו שהתגלה פגם בכהונתו של הראשון, אשר מחמתו שבו וקראו לכהן אחר. [סעיף ח וס"ק כח-כט; ביאורים ומוספים דרשו, 43-44]

חובה להקדים את הכהן לעליה לתורה, 'לְזַמֵּן' בברכת המזון, למתן צדקה, וכדומה; וכן ראוי להקדים את הלוי לישראל בעניָנים אלו. ברם, כהן שנולד מאשה גרושה, או מאשה אחרת האסורה לאביו - אף אם אביו שָׁגַג בדבר - הריהו 'חלל', כלומר, מחולל מקדושת הכהונה, ואין להעלותו לעליית כהן, ואף לא לעליית לוי, הגם שהוא בן שבט לוי, ויעלה לתורה כשאר ישראל; וכן אין צורך להקדימו בעניָנים אחרים. וכן לוי שנשא ממזרת - בנו מחולל מקדושת הַלְוִיָּה, ואין להעלות לעליית לוי, והריהו ממזר, ועולה לתורה כשאר ישראל. [ס"ק (ט,) כט ו־ל; ביאורים ומוספים דרשו, 20-22 ו־40]