סיפר הגר"ש הכהן קוק: בליל יום הכיפורים בישיבה בחברון, נשאר מרן הסבא זצ"ל בבית המדרש אחרי סיום התפילה על יד המדרגות המובילות לארון הקודש, ונשען במרפקו על המעקה, עיניו עצומות והוא שקוע בשרעפיו. מחזה זה חזר על עצמו מידי שנה.
אחד התלמידים המקורבים הרהיב פעם עוז ושאלו מה הוא עושה בשעה זו. השיב לו מרן הסבא: "בשעה זו אני מעביר בראשי את כל בני הישיבה כבני מרון ובוחן איך התנהגתי עם כל תלמיד השנה. האם טיפלתי בו כראוי? האם גידלתי אותו ורוממתי אותו?" זו היתה עבודת ה' של מרן הסבא מסלבודקא זצוק"ל בליל יום הכיפורים. דין וחשבון על כל תלמיד בישיבה!
מרן הגרמ"י ליפקוביץ זצ"ל סיפר פעם: "שמעתי שמרן הסבא מסלבודקא היסב פעם עם חתנו מרן הגרי"א שר זצ"ל ועוד אורח אחד מארה"ב, והיו משיחים בעניני הישיבה. בתוך הדברים אמר רבי אייזיק על אחד התלמידים: 'ער ברעקצלאך' (הוא מתפורר). כוונתו היתה לומר כי תלמיד זה נחלש מעט ברוחו ובתורתו. מיד התרומם מרן הסבא ויצא מהחדר מבלי לפרש להיכן הולך.
"לאחר שיצא, פנה האורח ושאל את רבי אייזיק: מיהו התלמיד שדברתם בו? אמר לו רבי אייזיק: אם ברצונכם לראותו, פנו נא אל הישיבה ותראה עם מי משוחח כעת מרן הסבא… וכך הוה, כי מרן הסבא לא המתין אף זמן מה, ומיד כששמע על תלמיד פלוני שזקוק לחיזוק מיהר לדבר עמו לראות מה יש בכוחו להועיל לו. אכן תלמיד זה עלה להיות אחד מגדולי גאוני הדור זצ"ל".
(מוסף שבת קודש ערב פסח תש"ע)