אחד מתלמידיו של הגר"י זצ"ל, שקיבץ מידי שבוע את שיחותיו ודברי תורתו בגליון השבועי 'גאון יעקב', סיפר: "היה זה בשעת לילה מאוחרת, וליתר דיוק בחצות ועוד 16 דקות. אמצע השבוע. עוד כשגרנו בניין מול ביתו של מרן זצ"ל. כמדי שבוע היינו מעבירים לו לאחר תפילת ערבית או בהזדמנויות אחרות את המעטפה הלבנה ובה שיחתו השבועית עבור הגיליון.
"באותו יום, בשעה האמורה, אנו מדלגים בגרם המדרגות לביתו שבקומה הראשונה, בהתרגשות אולי יפתח לנו בשעה כה מאוחרת (אע"פ שגם בשעות מאוחרות הרבה יותר היה הבית הומה אדם, הלילה הפסיק זרם המבקרים 'מוקדם' יחסית). והנה אנו מתקרבים לדלת, ואנו שומעים קול שיחה. הקשנו קלות על הדלת, הדיבור נפסק, ואנו שומעים: 'מי דופק בשעה כל כך מאוחרת?', ומיד מרן זצ"ל אומר: 'אולי זה מישהו שכואב לו משהו… צריך לפתוח'… והדלת נפתחה.
מעשה מופלא הקשור בגיליון זה, הביאו ב'קובץ גליונות' לאחר פטירתו:
"אחר היאסף הארון, נוכל עתה לשוח ולגלות טפח מגדלותו וענוותנותו העצומה של מרן זצ"ל, ובהסתלקותו מעמנו נחשוף את התעלומה עליה תמהו רבים, מדוע לפני תקופה, למשך מספר שבועות נפקד מקומו של העלון 'גאון יעקב' מלהופיע בקובץ. פניות רבות מכל רחבי העולם התקבלו במערכת, המה ראו כן תמהו – מה קרה? האם הגליון כבר אינו יוצא לאור? האם מרן אינו חש בטוב?… עתה נביא דברים כהווייתם:
"ב"ה זכינו ומרן היה מקבל את הקובץ לביתו מדי שבוע והיה מעיין בו ארוכות, ומאוד החשיב את הקובץ ותכניו המגוונים מגדולי הדור. באחת השבועות פנה למקורביו ואמר כי הוא חש שאין זה מן הראוי להביא את דבריו במסגרת קובץ חשוב זה בתוך שאר גדולי ישראל, ועל כן מבקש שלא להכניס את העלון לקובץ הנכבד, לפי שאינו בדרגה כזאת לתת שיחות לכלל ישראל, וזה מסור לגדולי הדור. ובכן מיד קיימנו את בקשתו ולצערם של רבים העלון לא נכנס לקובץ.
"לאחר כשבוע התחילו כאמור השאלות מהציבור החשוב, לאן נעלם העלון 'גאון יעקב', ומשרבו הפניות לא היה מנוס מלנסות ולבקש שוב ממרן זצ"ל שמדובר כאן בזיכוי הרבים גדול, וציבור גדול מתחזק מן הדברים, ובשלב מסויים אף נתבקש עורך הקובץ להכין מכתב בקשה לרבנו הגדול, ואף להיכנס ולדבר עמו בעניין זה. ואכן לאחר הפסקה קצרה של כמה שבועות זכינו והרב הסכים שהעלון יוכנס שוב לקובץ מחמת הזיכוי הרבים הגדול שיש בתפוצה הגדולה".