קדושת בית הכנסת
* אסור לדבר בבית הכנסת בדברי חול, בין דיבורי סרק ובין דיבורים שיש בהם צורך. ויש שנוהגים להקל ולדבר בעניינים שיש בהם צורך.
* אסור להיכנס לבית הכנסת במטרה לתפוס מחסה מחום, קור או גשם; ואף אם ילמד מעט בבית הכנסת, אין הדבר מתיר זאת.
* מבנה המשמש לתפילה וללימוד תורה, אשר התנו בשעת בנייתו שלא תחול עליו קדושת בית הכנסת ובית המדרש – מותר להשתמש בו לכתחילה לדברי חול, ואף בשעה שהוא בנוי.
* מותר להסב דירה בבנין מגורים לבית כנסת, אף שבקומה שמעליה יש דירה שבה בית הכסא, אמבטיה וחדרי שינה; ובהתאם, מותר לדור מעליה כרגיל. ויש מחמירים.
* אין להכניס סכין לבית הכנסת, משום שהתפילה מאריכה ימיו של אדם, והסכין מקצרתם. ואם היא מכוסה מותר להכניסהּ; וכדין סכין, כך דין כלי נשק המצויים בזמננו, כגון אקדח ורובה. ויש שאוסרים מטעם זה גם תפילה שלא בבית הכנסת בשעה שתלויים על הגוף סכין או כלי נשק מגולים. ויש מתירים.
* אחד מפוסקי זמננו נשאל בנוגע לנקיון אבני הכותל המערבי והסרת העשבים שצמחו עליהן. והשיב כי מן הדין הדבר מותר, אך אין ראוי לעשות כן.
אכילה ושתיה בבית הכנסת
* אסור לאכול, לשתות או לישון בבית הכנסת. והלומדים במקום בקביעות – כיון שאם יצטרכו לצאת לביתם לאכול ולשתות יגרום הדבר לביטול תורה – רשאים לאכול ולשתות במקום.
* יש שנהגו להקל לאכול בבית הכנסת סעודת מצוה, בשעת הדחק; ויש שמקילים בכך אף שלא בשעת הדחק, ויש שמקילים באכילה שאינה סעודה, כגון 'מיני מזונות', ויש שמקילים אף בסעודת הרשות.
* בית הכנסת שהתנו בשעת בנייתו שיהיה מותר להשתמש בו לצורכי חול – נחלקו הפוסקים אם מותר לאכול ולשתות בו בשעה שהוא בנוי.
מעבר דרך בית הכנסת
* בית כנסת שיש לו שני פתחים, אסור להשתמש בו כמעבר, דהיינו להיכנס לתוכו רק כדי לצאת בפתח השני, מפני שאסור להיכנס לבית הכנסת שלא לצורך מצוה.
* מותר לקצר דרך על ידי מעבר דרך פרוזדור של בית כנסת; ואף באופן שהוא משמש בקביעות לתפילה מחוסר מקום, כיון שמלכתחילה לא ייעדוהו לבית הכנסת.
מיקום הפתח והבימה בבית הכנסת
* את פתח בית הכנסת יש לקבוע בצד שכנגד ארון הקודש, כדי שהנכנסים והיוצאים יִשְׁחוּ מן הפתח אל מול ארון הקודש.
* למנהג בני ספרד הש"ץ עומד על הבימה שבאמצע בית הכנסת. ולמנהג בני אשכנז: יש מקומות שהש"ץ עומד מימין ארון הקודש, יש מקומות שהש"ץ עומד במרכז השטח שלפני ארון הקודש.
* אסור לעמוד בגב מופנה לארון הקודש, משום שיש בכך גנאי לספר התורה. אולם, הכהנים בשעת ברכתם רשאים וחייבים לעמוד כך.